陕甘宁边区成立于1937年9月6日，结束于1950年1月19日。
1937年2月，由于中日民族矛盾成为主要矛盾，国内矛盾降到次要地位，中共中央提出必须改变国内两个政权对立的状态，团结一致，共同抗日。率先将根据地的工农兵代表大会制度转变为民主共和制度，由工农民主改为一般民主，除工人、农民、小资产阶级外，地主、富农、资本家也享有选举权和被选举权，为抗日民族统一战线建立新的基础。5月，西北办事处为实现由苏维埃政府到特区(边区)政府的转变，正式通过《陕甘宁边区议会及行政组织纲要》和《陕甘宁边区选举条例》，确定在陕甘宁边区实行民主共和国的政治制度，即议会民主制。“各级议会议员，由选民直接选举。各级行政长官——乡长、区长、县长、边区主席，由各级议会选举”。“县议会闭会时，设县常驻议员代行职权；边区议会闭会时，设边区常驻议员代行职权”。“各级政府直接对各级议会负责”。7月，边区开始了各级议员的选举。1938年11月25日，陕甘宁边区政府根据国民政府《省参议会组织条例》，改边区议会为参议会，以保持边区同国民党的省市参议会在行政组织上的统一。
参议会是边区实行抗日民主政治的主要组织形式，边区各级参议会为边区各级的人民代表机关，同时又是边区的权力机关。陕甘宁边区参议会是边区的最高权力机关，边区参议会选举产生的边区行政委员会，即边区政府，是陕甘宁边区最高行政机关。《陕甘宁边区政纪总则草案》，规定“各级参议会为各级政权的最高权力机关，各级政府服从各级该参议会之决议。”政府人员的配备和机构的设置由参议会选出和决定。边区政府的职能是行使执行权，贯彻执行边区参议会制定的各项政策和决议，总理全边区的政务。
陕甘宁边区行政区划设置为边区(相当于省)、分区、县、区、乡。解放战争时期还设有区行政主任公署。行政组织设置如下：
一、边区政府
陕甘宁边区政府1937年9月6日成立时，组织机构的设置与名称，与西北办事处相比有很大的沿袭性。在边区政府内设执行委员会及主席团，主席团是边区政府的最高领导机关，由主席和各厅、处、院的主要负责人组成。
1939年1月边区召开第一届参议会，至1950年1月边区政府撤销前，边区经历三届政府：1939年1月17日至2月4日，在边区民主选举的基础上第一届参议会于延安召开，宣告边区参议会成立，标志着边区完成了由苏维埃共和制到抗日民主共和制的转变。边区参议会选举边区政府主席和边区政府委员，林伯渠等15人为边区政府委员，林伯渠等7人为政府委员会常务委员，林伯渠为边区政府主席。2月6日，边区第一届民选政府宣誓就职。
1941年11月6日至21日，边区第二届参议会在延安召开，根据“三三制”原则，对边区参议会和边区政府进行了改选。中共中央于1940年3月6日发出《关于抗日根据地政权问题的指示》，提出“三三制”是抗日根据地的政权形式。这种政权是一切赞成抗日又赞成民主的人们的政权，是几个革命阶级联合起来对付汉奸和反动派的民主专政。在政权结构中，“共产党员占三分之一，非党的左派进步分子占三分之一，不左不右的中间派占三分之一。”为开展边区第二届参议会的选举，中共陕甘宁边区中央局依据中共中央关于“三三制”的指示，制定《陕甘宁边区施政纲领》，强调“在候选名单中确定共产党员只占三分之一，以便各党各派及无党无派人士均能参加边区民意机关之活动与边区行政之管理。”选举结果，参议会常驻议员9人中，共产党员占3人；政府委员18人中，共产党员有7人，超过1/3，徐特立当即声明退出，补进非党人士白文焕先生。林伯渠蝉联边区政府主席，党外开明民主人士李鼎铭为副主席。11月22日，边区第二届政府宣誓就职。
1946年4月2日至27日，边区第三届参议会在延安召开，选出常驻议员12人，林伯渠等19人为政府委员，林伯渠再次蝉联边区政府主席，李鼎铭、刘景范为副主席。4月28日，边区第三届政府宣誓就职。1947年12月10日李鼎铭副主席病故。1948年2月边区参议会常驻议员、政府委员联席会议推选杨明轩为副主席。1949年2月，边区常驻议员、政府委员及晋绥代表联席会议决议，在主席林伯渠因事暂离边区期间，由副主席刘景范代理主席职务，增选边区政府委员15人。
二、政府机构
陕甘宁边区政府组织机构除政府委员会外，还有各厅、部、院、处设置，其设置多少，在不同时期有所不同。根据工作需要还可增设临时机构。
1937年9月边区政府成立时，办事机构设有秘书处、民政厅、教育厅、财政厅、建设厅、审计处、保安处、高等法院等。1938年2月，审计处改为财政厅审计科。1940年，边区政府对内部组织机构作了调整，调整后的机构为：秘书处、民政厅、财政厅、教育厅、建设厅、巡视团、少数民族事务委员会、贸易局及高等法院。1941年边区第二届政府机构设置：秘书处、民政厅、财政厅、教育厅、建设厅、保安处、民族事务委员会、法制室。1942年增设文化工作委员会，恢复审计处(当年并入财政厅)。同年12月，边区政府制定《陕甘宁边区简政实施纲要》，经过精减，减去一些不急需的机构和人员，合并性质相近的机构，缩小了庞大的机构。1943年4月成立办公厅，保留民政厅、财政厅、教育厅、建设厅、保安处、民族事务委员会及高等法院等。文化工作委员会并入西北文委。后增设或升格的机构有审计处、边区银行、总务处、卫生署、督察局、粮食局、边区文协。1946年，边区第三届政府机构设置：办公厅、民政厅、教育厅、财政厅、建设厅、审计处、保安处。1947年，由于国民党军队大举进犯边区，3月8日，边区成立战时后方办事处。3月13日，边区政府撤离延安。3月18日，中共中央撤离延安，转战陕北。林伯渠等7人组成后方委员会(后改为西北局后委)。5月25日，边区政府临时组建战时农业生产委员会和合作指导委员会。10月12日，生产救灾委员会成立。当时，边区政府机构为：秘书处、民政厅、财政厅、教育厅、建设厅、粮食局、保安处及高等法院。撤销审计处。新设临时机构：总动员委员会、后方委员会、后方办事处、生产救灾委员会、农业生产委员会、合作指导委员会等。
1948年4月22日延安光复，5月11日边区政府迁回延安，对组织机构作必要的调整，设有：秘书处、民政厅、财政厅、教育厅、建设厅、保安处、少数民族事务委员会及高等法院。1949年4月9日，陕甘宁边区参议会常驻议员会、政府委员会联席会议通过《陕甘宁边区政府暂行组织规程》，规定边区政府下设：秘书处、民政厅、教育厅、财政厅、工商厅、农业厅(由建设厅改之)、公营企业厅、交通厅、公安厅(保安处)、中国人民银行(西北区行)、西北财经委员会、人民监察委员会、少数民族事务委员会及高等法院。5月20日，边区政府决定领导核心南迁。6月14日，边区政府正式发布从即日起边区政府迁至西安新城办公。1950年1月19日，西北军政委员会成立，陕甘宁边区政府自行撤销。
三、区行政主任公署
解放战争时期，随着解放地区的扩大，1949年陕甘宁边区政府按地域设区行政主任公署，分陕北区行政主任公署和陕南区行政主任公署，并于1949年2月至8月领导晋西北和晋南两个区行政主任公署，8月15日设甘肃区行政主任公署。
晋绥区行政主任公署。1949年2月，划为晋西北、晋南两个行政公署，归陕甘宁边区政府统一领导。晋西北行署下辖五寨、离石、雁北、雁南等4个分区行政督察专员公署。晋南行署下辖隰县、新绛、运城等3个分区行政督察专员公署。5月16日，边区政府决定撤销晋西北行署，另成立五寨中心专署，隶属晋南行署领导，下辖雁北、雁南、离石、五寨等4个分区行政督察专员公署。7月28日，边区政府决定撤销晋南行署和隰县、运城两专署，成立晋南中心专署，下辖原隰县、运城、新降等3个分区。8月，五寨、晋南两中心专署所辖区域归还山西省管辖。
甘肃区行政主任行署。1949年8月15日，边区政府直辖之陇东分区划由甘肃行署管辖，改名为庆阳分区。该行署下辖兰州市、庆阳、平凉、会宁、临夏、岷县、武都、天水、武威、酒泉等10个分区(市)。1950年1月甘肃行署所辖区域归还甘肃省管辖。
陕北区行政主任公署。1949年5月5日在延安王家坪成立陕北区行署，内设：民政处、教育处、财政处、农业处、交通处、实习公司、工商处、卫生处、公安处、陕北支行、法院、监察委员会、编制委员会、财经委员会、粮食局、税务局、邮政局等17个工作机构，下辖绥德、榆林、黄龙、三边(9月撤销)等4个分区行政督察专员公署和延安、延长、延川、子长、志丹、安塞、甘泉等7个县政府。
陕南区行政主任公署。1949年10月，原隶属中原人民政府领导后归陕甘宁边区政府领导。陕南区行署内设：工商局、公安局、粮食局、税务局、中州支行等5个工作机构，下辖商洛、安康、汉中等3个分区行政督察专员公署。
西安市人民政府。1949年5月成立，隶属于陕甘宁边区政府领导。西安市人民政府先后内设：秘书处、民政局、建设局、财政局、工商局、税务局、劳动局、教育局、卫生局、公共财产管理处、公安局、法院、少数民族事务处、中国人民银行西安市分行等14个工作机构，下辖12个区人民政府。
四、分区行政督察专员公署
1937年5月，西北办事处为将西北苏区转变为陕甘宁边区抗日民主政府，发布《陕甘宁边区议会及行政组织纲要》，规定“边区政府与县之间，设行政专员为传达并督察的机关。”8月，西北办事处对行政专员人选及办公地点作出规定，“行政专员由行政区中心县县长兼任，专员公署即设在专员所在之县政府内”。根据这一规定，西北办事处撤销省的建制。1937年7月，陕北省苏维埃政府撤销，成立陕北东分区行政督察专员公署和陕北西分区行政督察专员公署。1937年9月，将陕甘宁省苏维埃政府改为庆环分区行政督察专员公署。9月12日，撤销陕北东、西分区，所辖县由边区政府直辖。1937年10月，将关中特区苏维埃政府更名为关中分区行政督察专员公署。同月，设立三边分区行政督察专员公署。1940年3月，成立绥德分区行政督察专员公署。4月，成立陇东分区行政督察专员公署。8月，庆环分区与陇东分区合并，称为陇东分区。1943年1月，为加强对直属县市的领导，成立延属分区行政督察专员公署。
陕甘宁边区为国民政府行政院直属，等于省的行政区域与机构，辖区内某些行政组织的设置，采取同国民政府的地方政权相类似的形式，行政督察专员公署的设置亦是如此。专员公署怎样设置，如何提高行政效率，1941年11月边区第二届参议会制定并通过《陕甘宁边区行政督察专员公署组织暂行条例》，规定“边区政府得划定所属二个以上的县份为一行政分区，设置行政督察专员公署，督促及指导该分区各县行政事宜”，专员公署的设置与命名“须经边区政府委员会议决，由边区政府以命令行之。”专员公署设专员1人，必要时可设副专员1人，“由边区政府派任，或令驻本分区军事长官兼任，或令本分区县长一人兼任。”暂行条例对专员公署内设机构也作出规定，“专员公署设秘书室、民政科、财政科、教育科、建设科、粮食科、保安科，秉承正副专员之命，分别执掌各项工作。”
边区政府于1943年2月25日颁布《修正陕甘宁边区行政督察专员公署组织条例》，规定“边区政府将边区所属县(市)划为5个行政分区，分设行政督察专员公署，为边区政府代表机关。”1945年8月抗日战争胜利时，边区共辖延属、关中、陇东、三边、绥德5个分区行政督察专员公署。
抗日战争胜利后，陕甘宁边区政府领导边区人民开展选举工作，加强政权建设。1946年11月，设立榆横政务委员会。解放战争时期，随着战争的胜利发展和边区的扩大，行政区划变动较大。1947年8月，成立榆林分区行政督察专员公署，12月撤销榆横政务委员会。1948年1月，成立黄龙分区行政督察专员公署。4月，成立西府分区行政督察专员公署。
1949年是变化最大的一年。截止1949年底，边区政府下辖榆林、绥德、黄龙、汉中、安康、商洛、咸阳、彬县、三原、宝鸡、渭南、大荔等12个分区行政督察专员公署。绥德、榆林、黄龙等3分区归陕北行政区领导，汉中、安康、商洛等3分区归陕南行政区领导，大荔、三原、彬县、咸阳、渭南、宝鸡等6分区为边区政府直属分区。各专员公署机关驻地及辖区，以专员公署成立的时间先后为序分述如下：
陕北东分区行政督察专员公署(1937.7～1937.9)
专署隶属西北办事处领导，机关驻延长县城，下辖：固临、延长、延川、延水(8月并入延川县)等4个县。
陕北西分区行政督察专员公署(1937.7～1937.9)
专署隶属西北办事处顿导，机关驻蟠龙镇，下辖：延安、富县、甘泉、靖边、新城、志丹、安塞、横山、秀延、子长等10个县。1937年9月，靖边、新城、横山3县撤销，设靖横县，划归三边分区。子长、秀延2县撤销，恢复安定县。
庆环分区行政督察专员公署(1937.9～1940.8)
专署隶属陕甘宁边区政府领导，机关驻曲子县城，下辖：曲子、环县、华池、定环、固北、定边、盐池等7个县。1937年10月，边区政府决定将定边、盐池划归新成立的三边分区专员公署领导，撤销定环县。1938年4月，撤销固北县。此时，庆环分区专员公署下辖：曲子、环县、华池等3个县。1940年8月，边区政府决定将庆环分区专员公署合并于陇东分区专员公署。
关中分区行政督察专员公署(1937.10～1949.5)
专署隶属陕甘宁边区政府领导，机关先后驻新正县的马家堡、阳坡头、马栏等地，下辖：新正、新宁、赤水、淳耀等4个县。后辖区扩大为：旬邑、赤水、新正、新宁、淳耀、三原、白水、中宜、彬县、淳化、耀县等11个县和双龙镇中心区。1949年5月20日，边区政府将关中分区专员公署改为三原分区专员公署，下辖：三凉、同官(铜川)、耀县、富平、高陵、泾阳、淳化等7个县。
三边分区行政督察专员公署(1937.10～1949.5)
专署隶属陕甘宁边区政府领导，机关驻定边县城，下辖：定边、盐池、靖边、吴旗等4个县。1945年10月，安边县政府成立，划归三边专员公署领导。1949年5月，陕北行政公署成立，三边专员公署归陕北行政公署领导。1949年9月27日，陕甘宁边区政府决定撤销三边专员公署，安边、吴旗2县撤销，盐池县划归宁夏省。定边、靖边2县划归陕北区行署直辖。
绥德分区行政督察专员公署(1940.3～1949.5)
专署隶属陕甘宁边区政府领导，机关驻绥德县城，下辖：绥德、米脂、佳县、吴堡、清涧等5个县。1944年1月，边区政府为纪念李子洲，改绥西办事处为子洲县，划归绥德分区专员公署领导。此时，绥德分区专员公署下辖：绥德、米脂、佳县、吴堡、清涧、子洲等6个县。1949年5月，绥德分区专员公署归陕北行政公署领导。
陇东分区行政督察专员公署(1940.4～1949.8)
专署隶属陕甘宁边区政府领导，机关驻庆阳县城，下辖：庆阳、合水、镇原等3个县。1940年8月，庆环专员公署合并于陇东分区专员公署，下辖：曲子、环县、华池、庆阳、合水、镇原等6个县。1949年8月15日，甘肃行政公署在兰州成立，陇东分区专员公署改为庆阳分区专员公署，隶属于甘肃行政公署领导。
延属分区行政督察专员公署(1943.1～1949.5)
专署隶属陕甘宁边区政府领导，机关驻延安，下辖：延安市和延安、延长、延川、子长、安塞、固临、富县、志丹、甘泉等10个县(市)。后撤并为延安、延长、延川、子长、安塞、志丹、甘泉等7县。1949年5月，边区政府决定成立陕北行政公署，同时撤销延属分区专员公署，原所辖7个县划归陕北行署直辖。
榆横政务委员会(1946.11～1947.12)
委员会隶属中共榆横特委领导，下辖：镇川、横山两县。1947年12月，中共中央西北局决定取消榆横特委，成立榆林工委，同时撤销榆横政务委员会，原所辖镇川、横山两县划归绥德分区专员公署领导。
榆林分区行政督察专员公署(1947.8～1949.5)
专署隶属陕甘宁边区政府领导，机关随西北野战军司令部活动，1948年秋，榆林地区解放，专署机关驻镇川，下辖：榆林、横山两个县。1948年12月，神木、神府、府谷等3个县划归榆林分区专员公署管辖。1949年5月，陕北行政公署成立，榆林专员公署划归陕北行署领导。
黄龙分区行政督察专员公署(1948.1～1949..5)
专署隶属陕甘宁边区政府领导，专署机关先后驻富县川口村、洛川县城，下辖：黄陵、宜川、韩城、合阳、澄城、白水、蒲城、富平等8个县。1949年2月，中共中央西北局决定将韩城、合阳、蒲城、澄城、白水等5县划归东府分区(大荔分区)，富平划归渭南分区，原延属之富县划归黄龙分区，此时黄龙分区专员公署辖：黄龙、宜君、洛川、宜川、富县、黄陵等6个县。1949年5月，黄龙专署划归陕北行署领导。
西府分区行政督察专员公署(1948.4～1949.5)
专署隶属陕甘宁边区政府领导，专署机关驻旬邑县马拦镇，下辖：彬县、长武、永寿、礼泉、乾县、武功、麟游、扶风、岐山、眉县、凤翔、宝鸡、千阳、陇县、凤县和甘肃灵台等16个县。1949年5月，边区政府决定将西府分区专员公署分为宝鸡、彬县两个专员公署。宝鸡分区专员公署下辖：宝鸡、凤翔、岐山、扶凤、眉县、千阳、陇县、凤县等8个县及宝鸡市。彬县分区专员公署下辖：长武、彬县、永寿、乾县、麟游、礼泉、旬邑等7个县。
宝鸡分区行政督察专员公署(1949.5～1950.1)
专署隶属陕甘宁边区政府领导，专署机关先后驻马栏、宝鸡市，下辖宝鸡、凤翔、岐山、扶风、眉县、千阳、陇县、凤县等8个县。1949年8月14日宝鸡解放，成立宝鸡市人民政府，归宝鸡分区行政督察专员公署代管。
彬县分区行政督察专员公署(1949.5～1950.1)
专署隶属陕甘宁边区政府领导，专署机关先后驻马栏、彬县县城，下辖长武、彬县、永寿、乾县、麟游、礼泉、旬邑等7个县。
大荔分区行政督察专员公署(1949.3～1950.1)
专署隶属陕甘宁边区政府领导，专署机关先后驻合阳县城、大荔县城，下辖大荔、蒲城、朝邑、平民、韩城、澄城、合阳、白水等8个县。
渭南分区行政督察专员公署( 1949.3～1950.1)
专署隶属陕甘宁边区政府领导，专署于1949年3月在延安成立，名为渭华分区专员公署。5月9日，机关移渭南县城。5月下旬，中共中央西北局改渭华分区专员公署为渭南分区专员公署，下辖：渭南、临潼、华阴、华县、潼关、蓝田等6个县。
咸阳分区行政督察专员公署(1949.5～1950.1)
专署隶属陕甘宁边区政府领导，专署机关驻咸阳县城，下辖咸阳、长安、兴平、武功、周至、户县等6个县。
商洛分区行政督察专员公署(1949.1～1950.1)
专署隶属陕南行政公署领导，专署机关先后驻商南县赵川镇、商县县城，下辖：商南、洛南、丹凤、商县、山阳、镇安、柞水等7个县。
汉中分区行政督察专员公署(1949.7～1950.1)
专署隶属陕南行政公署领导，1949年7月在宝鸡市成立。8月，专署干部随军南下。10月，汉中地区相继解放。专署下辖：南郑、城固、洋县、西乡、褒城、勉县、宁陕、略阳、镇巴、留坝、佛坪等11个县。
安康分区行政督察专员公署(1949.5～1950.1)
专署隶属陕南行政公署领导，专署机关先后驻湖北省郧县城关、白河县裴家河，下辖：安康、汉阴、石泉、紫阳、岚皋、旬阳、白河、平利、宁陕、镇坪等10个县及安康市。
西安市人民政府(1949.5～1950.1)
西安市人民政府于1949年5月25日成立，隶属于陕甘宁边区政府领导，机关驻西安市北院门。5月27日，西安市人民政府宣布成立12个区人民政府。
1949年2月6日至17日，陕甘宁边区政府曾举行边区参议会常驻议员会、政府委员会及晋绥行署代表联席会议，接受晋绥代表提议，将晋绥行政区划为晋西北、晋南两个行署，统归边区政府领导，原晋绥行署撤销。
晋西北行署，下辖：五寨专署、离石专署、雁北专署、雁南专署及两个直属县(兴县、岚县)。
晋南行署，下辖：隰县专署、新绛专署、运城专署及3个直属县市(临汾县、褒陵县、临汾市)。
五寨专署，下辖：五寨、河曲、保德、偏关、岢岚、神池等6个县。
离石专署，下辖：临县、离石、中阳、方山等4个县。
雁北专署，下辖：朔县、左云、平鲁、山阴、大同、怀仁、右玉等7个县。
雁南专署，下辖：淳县、代县、宁武、静乐等4个县。
隰县专署，下辖：隰县、石楼、蒲县、永和、汾西、洪洞、赵城、石楼、大宁等9个县。
新绛专署，下辖：新绛、汾城、稷山、曲沃、河津、乡宁、吉县等7个县。
运城专署，下辖：平陆、芮城、安邑、临晋、永虞、永乐、解县、夏县、万泉、猗氏、荣河、闻喜及运城市等13个县市。
1949年8月设立甘肃行署，下辖：兰州市、皋兰县为直属县市；
庆阳分区：庆阳、镇原、合水、宁县、正宁、华池、曲子、环县等8县；
平凉分区：泾川、化平、灵台、崇信、华亭、固原、庄浪、隆德、平凉等9县；
会宁分区(9月2日边区政府命令改名为定西分区)：会宁、榆中、定西、静宁、景泰、靖远、海原、西吉等8县；
临夏分区：临夏、和政、宁定、永静、康乐、洮沙、临洮等7县；
岷县分区：岷县、临潭、卓尼、会川、漳县、渭源、陇西等7县；
武都分区：武都、成县、文县、康县、西固、西和、礼县等7县；
天水分区：天水、泰安、清水、甘谷、武山、徽县、两当、通渭等8县；
武威分区：武威、永登、古浪、民勤、永昌、民乐、山丹、张掖等8县；
酒泉分区：酒泉、金塔、鼎新、高台、临泽、安西、玉门、敦煌、肃北等9县。
五、县政府
1937年9月6日，陕甘宁边区政府成立，经国民政府行政院正式承诺边区管辖23县。包括：肤施(延安)、甘泉、鄜(富)县、延长、延川、安塞、安定、保安(志丹)、靖边、定边、淳化、旬邑、绥德、米脂、佳县、吴堡、清涧、正宁、宁县、庆阳、合水、环县、盐池，另神木、府谷各一部分。9月12日，边区政府决定撤销陕北东、西两分区，其所属各县由边区政府直接领导，其中子长、新城、延水3县均按旧县制分别归并到安定、靖边、延川各县。撤销赤安县制，其所辖各区分别归并到志丹、环县和华池各县。此后，改红宜县为固临县。
10月，延安市政府成立，相当县一级区划，直属边区政府管辖。12月底，改红宜县为固临县。边区政府直辖：延安、安定、延长、延川、安塞、甘泉、富县、志丹、神府、固临及延安市，共11个县(市)。
边区所辖23县：肤施、安定、延长、延川、安塞、甘泉、富县、保安、靖边、环县、定边、盐池等12县为旧县制。淳化、旬邑、正宁、宁县、庆阳、合水等6县为西北苏区新建县或调整合并之县。绥德、米脂、佳县、吴堡、清涧等5县为八路军驻防的统一战线区，国民党同意将该5县划为八路军的“募补区”。1938年初，边区政府为巩固河防，在吴堡县界设河防县(1940年3月撤销)。1940年2月，镇原收归边区，归陇东分区管辖。7月，边区政府决定在耀县、宜君、同官3县交界地区划设一个中心区，成立同宜耀办事处，归关中分区管辖。1941年4月，同宜耀办事处升格为县级行政单位。1942年4月，边区政府决定，在定边、靖边、志丹3县之间新划设吴旗县，归三边分区管辖。在富县与合水之间新划设富西县(1943年3月撤销)，由边区政府直接管辖。与此同时，边区政府批准在回族民族比较聚集的盐池、定边两县交界的部分地区划设一回民自治区；另将盐场堡、苟池等产盐地区划为盐业中心区，均由三边专署直接领导。
1941年9月后，边区政府直辖的神府县改归晋绥边区管辖。抗日战争胜利后回归陕甘宁边区。
8月，边区政府决定，在绥德、米脂、清涧、子长4县交界地区新划设一县，开始名为西川办事处，10月更名为绥西办事处，由绥德分区管辖。1943年12月，绥西办事处改为子洲县。取销同宜耀办事处。1944年5月，为加强南泥湾垦区移民工作领导，边区政府决定增设南泥湾垦区，归陕甘宁边区政府直接管辖。截止1946年4月，边区设县级行政单位30个县、1个直辖市、1个垦区。计有延安县、安塞县、志丹县、子长县、甘泉县、富县、延长县、固临县、延川县、南泥湾垦区、绥德县、清涧县、吴堡县、佳县、米脂县、子洲县、定边县、盐池县、吴旗县、靖边县、安边县、合水县、曲子县、庆阳县、环县、镇原县、华池县、新宁县、新正县、赤水县、淳耀县及延安市。
抗日战争胜利后，1945年10月安边县人民举行起义，根据该县人民的要求，1946年4月边区第三届参议会通过决议，接受安边县加入陕甘宁边区，归三边分区管辖。5月，边区政府批准将延安县的金盆区和固临县的临镇区划入南泥湾垦区，成立等于县一级的区政府。同时，将关中分区中心区区政府升格为县一级。
10月，陕北之横山、镇川两县和平解放。随后，边区政府在该地建立榆横政务委员会，领导上述两县。
1947年2月，蒋介石命胡宗南部20多万兵力大举进攻边区，边区处于战争状态。3月，西北野战军在中共中央直接领导下，经过青化砭、羊马河战斗全歼国民党军5万余人。10月，延安以东以北地区全部收复。1948年2月，韩城、合阳、澄城等地相继解放，随即成立黄龙分区，辖黄陵、韩城、宜川、澄城、郃阳(今合阳)、蒲城、富平等7县。
4月22日，人民解放军光复延安。
同月，长武、永寿、乾县、彬县等地解放，边区政府随即划设西府分区，辖彬县、长武、永寿、乾县、礼泉、麟游、武功、扶风、岐山、凤翔、宝鸡、千阳、陇县、凤县、眉县和甘肃灵台等16县。在此之前，关中分区的中心区扩大为中宜县(7月恢复中心区设置)。7月，南泥湾垦区和固临县合并，改称临镇县。10月，大荔、朝邑解放。1948年底，边区失地全部收复，新解放数十县。
1949年2月，随着陕甘宁、晋绥两解放区的扩大，为加强两解放区的统一领导，边区参议会常驻议员、边区政府委员及晋绥边区代表在延安举行联席会议，决议将原晋绥边区所属第九、十、十一之3个分区及3个直属县划为晋南行政区，成立晋南行署；另将第二、三、五、六等4个分区及两个直属县和绥蒙区划为晋西北行政区，成立晋西北行署。两行署共辖52个县(市)，统由陕甘宁边区政府领导。
3月7日，边区政府发布通令，宣布成立大荔分区和榆林分区。大荔分区辖韩城、郃阳、澄城、白水、蒲城、大荔、朝邑、平民等8县；榆林分区辖神木、府谷、神府、横山、镇川等5县。另外，将延属分区之富县划由黄龙分区管辖；将新解放之铜川、富平、耀县、淳化等4县划由关中分区管辖，同时将该分区原淳耀县合并到耀县，赤水县合并到淳化县；将彬县、旬邑两县划归西府分区管辖；取销边区政府直辖之延安市设置，将其归并于延安县。
经过统一调整后，截止3月底，边区政府所辖区域由1946年的6个分区(含榆横)35个县市，扩大为16个分区117个县(市)。
5月20日，边区政府决定成立宝鸡、渭南、咸阳3个分区。宝鸡分区辖宝鸡、凤翔、扶风、岐山、千阳、陇县、凤县、眉县等8县及宝鸡市；渭南分区辖渭南、华阴、临潼、蓝田、潼关、华县等6县；咸阳分区辖咸阳、长安、兴平、武功、周至、户县等6县。另将西府分区改为彬县分区；关中分区改为三原分区，取消关中分区中心区，成立马栏县。
6月12日，边区政府命令将三原分区之新正、新宁两县划归陇东分区管辖(后恢复为正宁、宁县县名)。
8月，边区政府对直属大荔、三原、彬县、咸阳、渭南、宝鸡6分区之县区划等级重新作了规定：60万人口之长安县为特等县；15万以上30万人口以下之咸阳、三原、大荔、宝鸡、郃阳、蒲城、泾阳、蓝田、渭南、富平、兴平、凤翔、陇县、韩城、彬县、临潼等16县为甲 等县；5万以上15万以下人口之耀县、同官(即铜川)、高陵、朝邑、澄城、华县、周至、眉县、华阴、武功、扶风、岐山、乾县、礼泉、千阳、凤县、户县、旬邑、淳化、长武、麟游等21县为乙等县；5万人口以下之平民、潼关、永寿3县为丙等县。9月，撤销安边、吴旗两县建制。
10月，陕南行政区划归边区政府管辖，陕南行政区下辖商洛、安康、汉中3个分区30个县市。截止1949年底，边区在陕西境内设县级行政单位99个，区级单位1037个，人口1045.91万。(见表1·7)
1949年底陕甘宁边区行政区划(陕西境内)统计表
表1·7
