杭州地铁16号线起于临安区九州街与双拥路交叉口九州街站，以地下线形式沿临安区九州街向东走行，之后向北拐入万马路，于临安区万马路城中街交叉口北侧设临安广场站。之后线路继续沿万马路北行，拐入苕溪北路沿路向东直行，斜穿东湖路与苕溪北路东侧地块后和武肃街交叉口设农林大学站。出站后线路下穿科技大道，并于临安区科技大道和平湖路交叉口西南象限地块内设青山湖站。出站后线路继续沿科技大道走行，在青八区间敷设方式由地下线转为高架线，在临安区科技大道和陈市线交叉口东侧设八百里站，之后沿科技大道南北向上方平行敷设，在临安区科技大道与星港路交叉口东侧设青山湖科技城站，在临余桥以南附近离开临安区科技大道，经上跨杭州第二绕城高速西复线上方后，两跨南苕溪后进入余杭区，在余杭区G329国道与舟南线交叉口东北象限地块内，南峰村周围区域设南峰站，在余杭区G329国道与南湖西路交叉口西北象限地块内设南湖站。之后在南中区间敷设逐渐方式再次由高架线转为地下线，在余杭区环园南路与天目山西路交叉口设中泰站，在余杭区天目山西路与城东路交叉口北侧地块内设禹航路站。出站后线路下穿老余杭收费站匝道后向北转入东西大道，于余杭区凤新路交叉口设凤新路站。出站后线路转入余杭区水乡北路，止于余杭区水乡北路与绿汀路交叉口绿汀路站 [3-4]。
